铁佛寺在兴建一百多年后，毁于隋末兵变。唐朝大历年间，在废墟中挖得铁佛一尊，高丈八，庐州剌史裴绢奏告朝廷，代宗皇帝李毅诏令重建，定名“明教院”。明朝以后改称“明教寺”，沿用至今。明教寺历经沧桑，至清咸丰三年复毁于战火，太平天国将领袁宏谟于天国失败后，慨叹“英雄气短，佛海春长”，便遁迹空门，隐于肥西紫蓬山西庐寺，取法号通圆。明教寺是西庐寺的下院，属禅宗临济派，远代祖师谱已失无稽，通圆驻锡明教寺后，寺宇破残不堪，立愿重修旧观。他浪迹天涯，经过十多年的苦行募化，于光绪十一年（1886年）夙愿终偿。现存的大殿和后殿，仍保留原建筑风貌。在出土的石碑上载有教弩台和明教寺的史况，唐人吴资诗曰：“曹公教弩台，今为比丘寺。东门小河桥，曾飞吴主骑。”这是对教弩台历史演变的写照。教弩台上有屋上井、听松阁诸名胜。屋上井在大殿左侧，以井口超出地面屋脊得名，原为魏军汲水用井。晋朝整修，井口石栏刻有“泰始四年殿中司马夏侯胜造”隶书12字，为公元268年遗迹。在石栏沿口可见到23条被汲水纯磨成的深沟，堪为漫长岁月的见证。听松阁在台的东南隅，昔时这里松木成荫，松涛有声，寺僧建阁，取名“听松”，于是有“教弩松荫”之誉，被称为“庐阳八景”之一。阁上撰有楹联：“教弩耸高台不为炎刘消劫难，听松来远客谁从古佛识真如。”登监其上，心旷神怡，令人不禁发怀古之幽情。
　　据清嘉庆《县传城郭图》载：“合肥城郭有寺院四十余所，明教寺规模宏伟，为众寺之冠，明教寺为明朝院式建筑，山门朝南，从两侧拾级而上，循序为天王殿、大雄宝殿、地藏殿，西侧有法堂、方丈室，后殿两翼为寮房、藏经楼及齐堂（原禅堂、客堂已由改建的客厅取代），布局严谨，错落有致。
　　明教寺继通圆之后，有学道、赛陀、精慈、三根、梦东、藏印、妙友等和尚住持，对寺院建设和弘扬佛法均有诸多贡献。
　　学道，浙江湖州人，其文才出众，佛学造诣精湛，为求悟增慧，曾多次赴名山大刹参学。据浙江普陀山文史馆保存的《光绪皇帝御批碑文》记载：“光绪二十五年，安徽省合肥县明教寺住持僧人学道，请领藏经，维时因龙藏经无存，其版片在柏林寺，尚属全备尼衙门奏明，由请经人自赴柏林寺刷印。”据传明教寺最早收藏的一部《康熙龙藏经》即为学道从北京柏林寺拓印的版本。辛亥革命期间，不道感于人间佛教旨在弘扬佛法，于是离开明教寺去南京楼霞寺拜谒曼殊大师，经推荐到金陵刻经处担任编撰工作，刻印佛学书籍，广为流传。
　　赛陀，湖北黄石人，师从通圆法师；驻锡明教寺，做苦行僧，浪迹天涯，十方募化，三年归，筹资甚丰，为完善庙设施，惨淡经营，先后为全堂佛像装金，增置钟鼎法器，兴建禅堂甫定，于1915年再次北上募化，在化缘于皖系军伐段祺瑞时，陈述寺院建设事，因段祺瑞本为合肥人，且信佛虔诚，遂赠与功德银洋五百元及日本大正《大藏经》一部。自此，明教寺在建制规模上，佛、法、僧三宝齐备，千年古刹，更见庄严。
　　梦东，安徽岳西人，他在任朝间先后举行过三次传戒，一次为幽冥戒，一次十戒，一次五戒，三次受戒的四序大众共五百余人，堪称为一代法事活动的宗师。
　　藏印，安徽亳州人。1938年春，日寇进攻合肥，国民党不战而逃，城内死于炮火的黎民百姓，尸横街坊，惨不忍睹。藏印在极端困难的情况下，不避艰险，会同红+字会，组织人力，收尸掩埋，据统计在半个月内共埋尸千余具。合肥沦陷后，1939年日军派“日莲宗”和尚衙藤春海进驻明教寺，成立所谓“新亚佛教会合肥支会”，自命为会长，对合肥地区的佛教进行奴化统治，采取威胁利诱手段，挟藏印出任傀儡副联，藏印激于民族气节，不甘屈辱，遂以身殉国殉教，消息传出后，全城有识之士义愤填膺，纷纷组织悼念活动，激起敌后抗日怒潮。
 　1949年后，党和政府曾拔款维修明教寺，安顿僧人生活，恢复正常的宗教活动，然而一场“文革”浩劫摧毁了这一祥和景象，明教寺除殿宇幸存外，佛经佛像及佛教设施均毁于一旦，僧人被监管，寺院变成红衙兵司令部，继之寺院被外单位进驻。
　　党的十一届三中全会后，经过拔乱反正，落实政策，寺院归还僧人管理，政府又拔专款38万元，进行修整。经当时的省委书记万里出面与北京市有关部门磋商，北京市有关方面赠送明朝铜佛五尊，寺内自筹资金添制观音、地藏、罗汉等樟木佛像32尊并全部装金，还配制了佛龛、法器、楹联、宝鼎等基础设施。此外，还订购了《中华大藏经》一部，最近，台湾佛教界赠送影印版《大藏经》两部，明教寺现为安徽省佛教协会所在地。
　　1949年后，懒悟法师任明教寺监院，他悟性过人，多才多艺，出家后除潜心钻研佛学哲理外，勤攻书画，技艺日臻精湛。其山水画初学四王，晚年致力于石涛、石溪的技法，直逼云林，深受当代画坛赞誉。1969年懒悟于合肥月潭庵圆寂，终年69岁。
　　
　　明教寺现在僧人20名，在方丈妙安法师带领下，制定了寺院管理的各项规章制度。妙安法师鉴于佛教事业继往开来的长远需要，从1982年起先后输送僧徒十多人到各级僧伽培训班和佛学院校深造，提高他们的素质，充实了佛教的僧才资源，如今，明教寺的设施和体制已初具规模，佛、法、僧三宝齐备，千年古刹，又现辉煌。
　　1995年合肥市开展“十景”评选活动。经多轮筛选，原庐阳八景的“教弩松荫”榜上有名，改称“教弩梵钟”，被列为合肥的新十景之一。这一改动，深孚众望，因为从人文景观的内涵来谈。教弩台是省级重点文物保护单位；而明教寺则为国家重点开放寺院，把教弩台的史迹和明教寺的梵钟，两者合二为一，古今兼顾，相得益彰。
　　明教寺现任方丈妙安法师，97岁，1930年出家为僧，师从心定法师，毕业于安徽句容县宝华山律学院，兼任中国佛教协会常务理事，安徽省佛教协会副会长兼秘书长，合肥市佛教协会会长，安徽省政协常务委员，并同时兼任明教寺、相隐寺、忠庙、西庐寺等数座寺庙方丈。现任监院法持法师，57岁，安徽巢湖人，1984年出家，师从妙安法师，毕业于九华山全国寺院执事进修班，兼任安徽省合肥市佛教协会理事，中市区政协委员。